جانشینی محمد
پس از مرگ محمد، در حالی که علی، عباس و دو پسرش فضل و قثم و دو برده آزاد شده پیامبر، زید و شغران، به همراه طلحه و زبیر و جمعی از صحابه محمد، مشغول خاکسپاری محمد بودند ، گروهی ازصحابه محمد در محلی به نام سقیفه بنی ساعده جمع شدند و دربارهٔ جانشین محمد به بحث و جدل پرداختند. نتیجه این بحث و جدلها، انتخاب ابوبکر به عنوان جانشین محمد شد. انصار در سقیفه بنی ساعده از سعد بن عباده حمایت میکردند، اما مهاجران این را نپذیرفته و خود را از لحاظ خویشاوندی نزدیکتر به محمد میدانستند. در میان مهاجران عدهای نیز به سرکردگی علی و شامل زبیر، طلحه، عباس بن عبدالمطلب، مقداد، سلمان فارسی، ابوذر غفاری و عمار بن یاسر، علی را وارث مشروع محمد میدانستند. دانشنامه ایرانیکا معتقد است تاریخ نگاران مسلمان اتفاق نظر دارند که بحران موجود در این برهه، توسط سه تن از مهاجران مشهور به نام ابوبکر و عمر و ابوعبیده جراح برطرف گردید. آنها انصار را جمع کرده و به آنها ابوبکر را تحمیل کردند. حسادت بین دو قبیله مهم انصار به نام اوس و خزرج و عدم فعالیت بنی هاشم در تبلیغ نظرشان، موفقیت این سه تن را تسهیل نمود.
این انتخاب باعث اختلاف بین هواداران ابوبکر و طرفداران علی گردید. طرفداران علی قائل بودند که علی توسط شخص محمد به جانشینی انتخاب گردیدهاست و بنابراین مقام خلافت باید از آن وی باشد.علاوه بر آن طبری در تاریخ خود نقل کردهاست که گروهی از مخالفان ابوبکر از جمله زبیر در خانه فاطمه گرد آمدند و عمر با تهدید به آتش زدن خانه آنها را بیرون کشاند. علی بعداً مکرر میگفت که اگر چهل یاور داشت قیام میکرد.
هنگامی که این افراد که از اولین مخالفان ابوبکر بودند بتدریج ابوبکر را به رسمیت شناختند، علی تا شش ماه از بیعت با ابوبکر سرباز زد. دانشنامه بریتانیکا مینویسد علی پس از اتمام مراسم تدفین محمد، در یک عمل انجام شده قرار گرفت ولی اعتراضی نکرد. دانشنامه ایرانیکا مینویسد که علی و بنی هاشم تا قبل از مرگ فاطمه (حدود شش ماه) از بیعت با ابوبکر سرباز زدند. علی بر روی حقش پافشاری ننمود، چرا که تمایل نداشت که امت نوپای اسلام دچار کشمکش گردد.
به گفته مادلونگ، علی به خاطر خویشاوندی نزدیک و ارتباط صمیمی با محمد، به خاطر دانش فراوان از اسلام از ابتدا و شایستگی در به خدمت گرفتن احکام آن، به شدت شخصاً معتقد بود که بهترین شخص برای جانشینی محمد است. خط مشیهایی که توسط ابوبکر و عمر پایهریزی شده بود، از دیدگاه علی بیمورد تلقی میشد. او به ابوبکر گفته بود که علت تاخیر در بیعت وفاداریش به ابوبکر به عنوان خلیفه مسلمانان، اعتقاد به ارجحیت تعلق این عنوان به خودش بودهاست. او این عقیده را هنگامی که با ابوبکر و عمر و عثمان بیعت میکرد نیز ترک نکرد؛ او که معتقد بود که جانشین به حق محمد است، هنگامی که مطمئن شد که همه از او روی گردانیدهاند، برای حفظ وحدت اسلام با ابوبکر بیعت نمود. اگر جامعه مسلمانان یا بخش کوچکی از آنان، به او اقبال پیدا میکردند، وی دیگر خلافت را تنها «حق» خود نمیدانست، بلکه آن را «وظیفه» خود قلمداد میکرد.هرچند عباس عموی محمد، و آنچنان که گفته میشود ابوسفیان، از علی خواستند تا جامعه اسلامی را در کنترل خاندان بنی هاشم بگیرد، او هیچ تلاشی در این زمینه نکرد اما بنا بر نقل منابع تاریخی علی بعداً در نامه به معاویه مینگارد علت رد این پیشنهاد بیم پراکندگی امت بودهاست
در مورد جانشینی علی، مورخان و دانشوران تاریخ اسلام عموماً یا دیدگاه اهل سنت را پذیرفتهاند و یا اینکه حقیقت موضوع را غیر قابل کشف دانسته و از آن رد شدهاند. یکی از مورخینی که از این سنت رایج جدا شدهاست ویلفرد مادلونگ میباشد. ویلفرد مادلونگ در دانشنامه اسلام اصلی ترین ادعاهای شیعه را دیدگاه خود شخص علی میداند زیرا به عقیده او علی خود را شایسته ترین فرد برای خلافت در مقایسه با دیگر صحابه میدانست و کل جامعه مسلمانان را بدلیل روی گرداندن از خودش ملامت میکرد، اما در عین حال رفتار ابوبکر و عمر در مسند خلافت را میستود و تخریب شخصیت آنها را نکوهش میکرد. مادلونگ معتقد است که از آنجایی که در رسوم اعراب آن زمان، خصوصاً رسوم قریش، جانشینی موروثی معمول بوده و قرآن بر اهمیت پیوند خونی میان پیامبران و خصوصاً اهل بیت تاکید ورزیدهاست و اینکه انصار از خلیفه شدن علی حمایت میکردند، ابوبکر میدانست که تشکیل یک شورا برای انتخاب خلیفه به انتخاب علی میانجامد و به همین دلیل به شکل حساب شدهای جریانهای سیاسی را برای خلیفه شدن خودش هدایت کرد. از طرف دیگر لارا وسیا وگلییری در دانشنامه اسلام اینکه علی واقعاً امید داشت تا جانشین پیامبر شود را مورد تردید میداند زیرا اعراب بعنوان قاعده رئیس خود را از میان ریش سفیدان انتخاب میکردند و علی در آن زمان تنها کمی بیش از سی سال سن داشت و اعتبار لازم برای جانشینی محمد را طبق سنن اعراب نداشت. وگلییری معتقد است که شیعه بوسیله ساختن احادیث یا تفسیر مطابق اعتقادات خود برای بعضی کلماتی که گفته میشود توسط محمد بکار رفتهاست به این موضوع اصرار دارند که پیامبر قصد داشتهاست تا علی را بعنوان جانشین خود انتخاب کند در حالی که جای شک نیست که در هنگام واپسین بیماری، محمد سخنی در مورد جانشین خود بیان ننمودهاست.
دوران خلافت ابوبکر
علی در این دوران زندگی منزویانهای در پیش گرفت و عمدتاً به فعالیتهای مذهبی مشغول بود. او خود را وقف مطالعه و آموزش قرآن کرد.[۷۶] اولین قرآن جمع آوری شده از لحاظ تاریخی، به وی نسبت داده میشود. دانش وی از قرآن و سنت به کمک خلفای پیشینش در مسائل شرعی میآمد.[۷۷]او به ابوبکر و عمر در امور مربوط به دولت نیز مشاوره میداد. علی در جنگهای رده و فتوحات مسلمانان شرکت نکرد. کارهای انجام شده توسط علی بعد از خلافتش، نشانگر این است که وی با سیاستهای خلفای پیشینش موافق نبود. عدم موافقت وی با سیاستهای خلفای پیشین را میتوان از جوابش به عبدالرحمن بن عوف در شورای انتخاب خلیفه مبنی بر پذیرش قرآن و سنت و سیاستهای ابوبکر و عمر حدس زد.
دوران خلافت عمر
دانشنامه بریتانیکا مینویسد علی خلافت عمر را پذیرفت و حتی دخترش ام کلثوم را به ازدواج وی درآورد.
پس از مرگ فاطمه، علی در زمان خلافت عمر نیز، میراث پدری فاطمه را مطالبه کرد؛ اما پاسخ عمر همان پاسخ ابوبکر بود. البته عمر حاضر شد برخی از املاک مدینه که جزو ارث فاطمه محسوب میشد، به پسران عباس بن عبدالمطلب که نمایندهٔ بنی هاشم بودند، بازگرداند. ولی املاک فدک و خیبر کماکان به عنوان املاک دولتی باقیماند و به بنی هاشم عودت داده نشد.
به نوشته نویسندگان اسلامی علی از مشاوران عمر بود. مشاوره های علی بیشتر در مورد امور شرعی و بخاطر احاطه علی بر قرآن و سنت بودهاست. هرچند جای تردید است عمر توصیههای سیاسی علی را میپذیرفت یا نه. در طول زمامداری عمر و عثمان، علی هیچ سمت رسمی اداری، نظامی یا سیاسیای را قبول نکرد؛ به جز سمت نیابت شهر مدینه در زمانی که عمر به سفر فلسطین و سوریه رفته بود، در دوران خلافت عمر و عثمان او در هیچ یک از جنگهای این دو خلیفه حضور نداشتهاست.
ویلفرد مادلونگ مینویسد، علی نمیتوانسته که بر مبنای قرابت خویشاوندی با محمد، امیدوار به خلیفه شدن بعد از عمر بودهباشد. زیرا قریش از جمع شدن پیامبری و خلافت در یک قبیله حمایت نمیکردند. وی معتقد است که این مهم از سنخ «کودتای صورت گرفته توسط ابوبکر و عمر» در سقیفه بنیساعده نیست، بلکه از حسادت عمیق قریش نسبت به علی نشات میگیرد. بنابراین تنها شانس علی برای شرکت در امور مسلمین، مشارکت کامل وی در اهل شورا که توسط عمر پایه ریزی شد، میتوانست باشد. ابنعباس روایت میکند که در جایی عمر به وی گفته که علی در واقع شایسته ترین شخص برای جانشینی محمد بوده، اما ما از وی به دو دلیل ترسیدیم. وقتی ابنعباس مشتاقانه از عمر در مورد این دو دلیل سوال میکند، عمر در پاسخ به وی میگوید، اولی جوان بودن و دومی علاقه زیاد علی به خاندان بنیهاشم. بر اساس این روایت، تمامی آرزوهای علی و هوادارانش برای احراز خلافت مبدل به ناامیدی گردید. عمر در خلال این پاسخ، به سقیفه بنیساعده اشاره میکند. در این اشاره، عمر به عقیدهاش درباره تشکیل شورا به عنوان مبنایی برای تعیین خلیفه اشاره کرده و عملاً، از این به بعد، هر گونه تعیین خلیفه بدون مشورت را تقبیح مینماید. بنابراین با این کار، خلافت نمیتوانست در انحصار قبیلهای خاص باشد و به تمامی قریش تعلق داشت.
کائتانی در این زمینه علت قتل عمر بر این باور است که ابولؤلؤ (قاتل عمر) وسیله ای برای توطئه قتلی از سوی صحابیانی چون علی، طلحه و زبیر بوده است و عبید الله بن عمر (که در جنگ صفین در سال ۳۷ هجری کشته شد) به این توطئه معتقد بوده اما دست به عملی دیوانه وار (کشتن هرمزان و دخترش) زده است. دانشنامه اسلام معتقد است محققانی چون لاوی دلا ویدا و مادلونگ نشان داده اند که این دیدگاه کائتانی را بی پایه و اساس است.
در هنگام مرگ عمر، شورایی برای انتخاب خلیفهٔ بعدی تشکیل شد. اعضای این شورا شامل علی، عثمان، طلحه، زبیر، عبدالرحمن بن عوف و سعد بن ابی وقاص بودند. از آنجایی که طلحه دقیقاً بعد از انتخابعثمان به مدینه بازگشت، سعد بن ابی وقاص به عنوان نمایندهٔ رسمی وی در شورای انتخاب خلیفه حضور داشت. علی و عثمان دو کاندیدای نهایی بودند، ولی در نهایت، رأی به نفع عثمان اعلام گردید. عثمان،برادر زن عبدالرحمن بن عوف بود. علاوه بر این، عمر به عبدالرحمن بن عوف در انتخاب خلیفهٔ بعدی، اختیارات بیشتری داده بود و در هنگام خلافتش نیز به رای او تکیه داشت. علی به اتکای نزدیکترین قرابت خویشاوندیاش با محمد، ادعای خود برای خلافت را قاطعانه مطرح کرد. در حالی که عثمان، کاندیداتوری خود را منفعلانه پیش میبرد. عبدالرحمن بن عوف، علاوه بر صحبت جداگانه با دو کاندیدا، شبانه با سران قریش مشورت کرد و از حمایت قاطع آنان از عثمان مطلع شد. قبیله بنیامیه که با وجود عثمان به عنوان کاندیدای خویشاوند، دیگر الزامی به حمایت از علی که نسبت خویشاوندی دورتری به آنها داشت، نداشتند. قبیله بنیمخزوم نیز علیه علی، از عثمان حمایت کردند. عبدالله بن ابی ربیعه، رهبر بنیمخزوم و فرمانروای الجند، به عبدالرحمن بن عوف هشدار داد که اگر با علی بیعت کند با نافرمانی قبیلهاش و اگر با عثمان بیعت کند با اطاعت قبیلهاش مواجه خواهد شد. در واقع علی در شورای انتخاب خلیفه، حامی نداشت. علی و عثمان هر دو در صورت عدم موفقیت در انتخاب، به انتخاب دیگری راضی بودند. بر حسب بعضی روایات، علی موفق شد که عبدالرحمن بن عوف را متقاعد کند که به جای حمایت از عثمان، از وی حمایت کند. گرچه این مهم را میتوان در خوشبینانه ترین حالت، حمایتی ضعیف به حساب آورد. علاوه بر این، زبیر که بعد از مرگ محمد از حامیان علی بود، در اینجا از عثمان حمایت میکرد. بنابراین عبدالرحمن بن عوف، دلیلی قاطع برای صدور رای به نفع عثمان داشت. او رای خود در مسجد و در ملا عام و با حضور دو کاندیدا اعلام کرد. بنابراین فشار زیادی بر روی علی وجود داشت که همان جا با عثمان بیعت خود را اعلام کند و او با اکراه موافقت کرد.
ویلفرد مادلونگ مینویسد عمر گرچه ممکن بود نگران احتمال انتخاب علی به عنوان خلیفه باشد، اما مدرکی وجود ندارد که وی مستقیماً خواسته باشد تا بر شورا علیه علی تاثیر بگذارد. او چند وقت قبل در حضور عبدالرحمن بن عوف به او در مورد آرزوی قبیله بنی هاشم در مورد «حق خلافت انحصاری» این قبیله و «حق پایمال شده» علی، هشدار داده بود. چنین فکری بدون شک در اذهان عمومی نیز وجود داشتهاست. علاوه بر این، قتل عمر در مدتی اندک پس از آن، هرگونه مصالحه بین حامیان خلافت قریش و علی را منتفی مینماید. عبدالرحمن بن عوف به طور کامل بر احساسات عمر آگاه بود. او ممکن است نام خود را از میان کاندیداهای خلافت بیرون کشیده باشد تا بتواند رای قاطع جمع آوری کرده و از آن علیه علی استفاده کند. اما به نظر میرسد که این عمل ابتکار خودش باشد، نه یک عمل تمرین شده پیشنهادی از سوی عمر.
عبدالرحمن بن عوف به علی، سه شرط عمل به قرآن، سنت محمد و روش خلفای پیشین را عرضه کرد که علی تنها دو شرط اول را پذیرفت؛ در حالی که عثمان هر سه شرط را پذیرفت. بنابر روایت شرح نهج البلاغه ابن ابی الحدید، علی در این هنگام به برتری خود در امر خلافت تاکید کرد؛اما چون اقبال عمومی به عثمان بود، ناچار شد که با وی بیعت کند.
دوران خلافت عثمان
عثمان به بنی امیه که قوم و خویشش بودند بیش از حد امتیاز میداد، به طوری که نفوذ آنان روی وی سبب شد که با صحابه محمد مانند ابوذر غفاری، عبدالله بن مسعود و عمار بن یاسر بد رفتاری کند. این موضوع و مسائل دیگر خشم مردم در مناطق مختلف حکومت اسلامی را در سالهای ۶۵۰ و ۶۵۱ میلادی برانگیخت. بعد از اینکه مروان بن حکم عمو زادهٔ عثمان به عنوان مشاور وی انتخاب گردید، تسلط مروان بر وی باعث اعتراض بسیاری از صحابه محمد به خصوص اعضای شورای انتخاب عثمان گردید. بسیاری از آنان به عثمان اعتراض نموده و حمایت خود را از وی قطع کردند.
بنا بر نظر سید حسین نصر در دانشنامه بریتانیکا، بر طبق منابع شیعی، علی عثمان را به عنوان خلیفه به رسمیت میشناخت. اما موضع بی طرفی را بین هواداران و مخالفان وی اتخاذ کرده بود. بنا بر نظر رابرت گلیو در دانشنامه اسلام، علی حداقل به لحاظ معنوی سردسته مخالفان عثمان بود. در دوران خلافت عثمان، علی به همراه صحابه دیگری از محمد از جمله طلحه و زبیر از منتقدان عثمان بودند. او عنوان میداشت که عثمان از سنت پیامبر دچار انحراف شدهاست. مهمترین موارد اختلاف با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی بود. علی اصرار داشت که "حدود الهی" باید اجرا شود. از جمله در قضیه شرب نوشیولید، حاکم کوفه، گفته میشود حد به دست خود علی اجرا شد. او در امور سیاسی حداقل به لحاظ معنوی نیز از سرکردگان مخالف عثمان شناخته میشد. در قضیه تبعید ابوذر با وجود ممنوعیت تعیین شده توسط عثمان او با فرزندانش ابوذر را بدرقه کرد.[۸۹] همچنین به نوشته پوناوالا در دانشنامه ایرانیکا، به روایت ابن اعثم علی میدانست که عثمان جرات نداشت که بر ضد وی عمل کند. در موقعیتهای بسیاری، علی با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی اختلاف نظر داشت. علی علناً اظهار همدردی خود با ابوذر غفاری نشان داده و قاطعانه در دفاع از عمار بن یاسر سخن رانده بود.
پس آن مردم در برخی از شهرها و مناطق علیه عثمان شورش کردند و رو به سوی مدینه آوردند. وی که در ابتدا حکم مجازات شورشیان را صادر کرده بود، وقتی که توسط پیک سریعی که توسط عبدالله بن سعد فرستاده شد، از قصد شورشیان آگاه شد، از آنجایی که به دلیل احتمال بازشدن راه برای خشونت دیگر قشرها، تمایلی به پذیرش شورشیان نداشت، به دیدار علی رفته و از او خواست که با شورشیان دیدار کرده و آنها را وادار کند که به شهر و دیارشان بازگردند. عثمان ضمن اینکه خود را از این به بعد ملزم به پیروی از توصیههای علی میکرد، به وی اختیار تام داد تا هرگونه که میخواهد با شورشیان مذاکره کند. علی به وی یادآوری کرد که قبلاً هم با وی در این مورد صحبت کردهبود، ولی عثمان ترجیح دادهبود که از مروان بن حکم و بنیامیه حرفشنوی کند. عثمان قول داد که از این پس، از آنان روی گردانده و از علی حرفشنوی کرده و دستور داد که دیگر انصار و مهاجران به علی بپیوندند. او همچنین از عمار خواست که به این گروه بپیوندد ولی وی این پیشنهاد را ردکرد.
علی در این زمان بدون آنکه مستقیماً با عثمان مخالفت کند، تاثیر بازدارنده بر وی داشت. او انتقادات دیگر صحابه را به گوش عثمان میرساند و به نظر میرسد که به علت سوءظنهای به وجود آمده بین علی و اقوام عثمان، از طرف عثمان با مخالفانی که از دیگر استانها به مدینه آمده بودند، مذاکره نمود. وقتی بعداً شورشیان منزل عثمان را محاصره کردند، علی با اصرار بر اینکه عثمان نباید از آب منع شود، تلاش نمود شدت محاصره را کم کند. وقتی که عثمان در معرض خطر حمله قرار داشت، علی پسرانش را به منظور محافظت از خانه وی روانه کرد. وقتی عثمان توسط گروهی که وی را در خلافت ضعیف و متهم به قوم و خویش سالاری میکردند، کشته شد، علی پسرانش را به دلیل محافظت نامناسب از خانه عثمان، مورد مواخذه قرار داد.
در مورد جانشینی علی، مورخان و دانشوران تاریخ اسلام عموماً یا دیدگاه اهل سنت را پذیرفتهاند و یا اینکه حقیقت موضوع را غیر قابل کشف دانسته و از آن رد شدهاند. یکی از مورخینی که از این سنت رایج جدا شدهاست ویلفرد مادلونگ میباشد. ویلفرد مادلونگ در دانشنامه اسلام اصلی ترین ادعاهای شیعه را دیدگاه خود شخص علی میداند زیرا به عقیده او علی خود را شایسته ترین فرد برای خلافت در مقایسه با دیگر صحابه میدانست و کل جامعه مسلمانان را بدلیل روی گرداندن از خودش ملامت میکرد، اما در عین حال رفتار ابوبکر و عمر در مسند خلافت را میستود و تخریب شخصیت آنها را نکوهش میکرد. مادلونگ معتقد است که از آنجایی که در رسوم اعراب آن زمان، خصوصاً رسوم قریش، جانشینی موروثی معمول بوده و قرآن بر اهمیت پیوند خونی میان پیامبران و خصوصاً اهل بیت تاکید ورزیدهاست و اینکه انصار از خلیفه شدن علی حمایت میکردند، ابوبکر میدانست که تشکیل یک شورا برای انتخاب خلیفه به انتخاب علی میانجامد و به همین دلیل به شکل حساب شدهای جریانهای سیاسی را برای خلیفه شدن خودش هدایت کرد. از طرف دیگر لارا وسیا وگلییری در دانشنامه اسلام اینکه علی واقعاً امید داشت تا جانشین پیامبر شود را مورد تردید میداند زیرا اعراب بعنوان قاعده رئیس خود را از میان ریش سفیدان انتخاب میکردند و علی در آن زمان تنها کمی بیش از سی سال سن داشت و اعتبار لازم برای جانشینی محمد را طبق سنن اعراب نداشت. وگلییری معتقد است که شیعه بوسیله ساختن احادیث یا تفسیر مطابق اعتقادات خود برای بعضی کلماتی که گفته میشود توسط محمد بکار رفتهاست به این موضوع اصرار دارند که پیامبر قصد داشتهاست تا علی را بعنوان جانشین خود انتخاب کند در حالی که جای شک نیست که در هنگام واپسین بیماری، محمد سخنی در مورد جانشین خود بیان ننمودهاست.
دوران خلافت ابوبکر
علی در این دوران زندگی منزویانهای در پیش گرفت و عمدتاً به فعالیتهای مذهبی مشغول بود. او خود را وقف مطالعه و آموزش قرآن کرد.[۷۶] اولین قرآن جمع آوری شده از لحاظ تاریخی، به وی نسبت داده میشود. دانش وی از قرآن و سنت به کمک خلفای پیشینش در مسائل شرعی میآمد.[۷۷]او به ابوبکر و عمر در امور مربوط به دولت نیز مشاوره میداد. علی در جنگهای رده و فتوحات مسلمانان شرکت نکرد. کارهای انجام شده توسط علی بعد از خلافتش، نشانگر این است که وی با سیاستهای خلفای پیشینش موافق نبود. عدم موافقت وی با سیاستهای خلفای پیشین را میتوان از جوابش به عبدالرحمن بن عوف در شورای انتخاب خلیفه مبنی بر پذیرش قرآن و سنت و سیاستهای ابوبکر و عمر حدس زد.
دوران خلافت عمر
دانشنامه بریتانیکا مینویسد علی خلافت عمر را پذیرفت و حتی دخترش ام کلثوم را به ازدواج وی درآورد.
پس از مرگ فاطمه، علی در زمان خلافت عمر نیز، میراث پدری فاطمه را مطالبه کرد؛ اما پاسخ عمر همان پاسخ ابوبکر بود. البته عمر حاضر شد برخی از املاک مدینه که جزو ارث فاطمه محسوب میشد، به پسران عباس بن عبدالمطلب که نمایندهٔ بنی هاشم بودند، بازگرداند. ولی املاک فدک و خیبر کماکان به عنوان املاک دولتی باقیماند و به بنی هاشم عودت داده نشد.
به نوشته نویسندگان اسلامی علی از مشاوران عمر بود. مشاوره های علی بیشتر در مورد امور شرعی و بخاطر احاطه علی بر قرآن و سنت بودهاست. هرچند جای تردید است عمر توصیههای سیاسی علی را میپذیرفت یا نه. در طول زمامداری عمر و عثمان، علی هیچ سمت رسمی اداری، نظامی یا سیاسیای را قبول نکرد؛ به جز سمت نیابت شهر مدینه در زمانی که عمر به سفر فلسطین و سوریه رفته بود، در دوران خلافت عمر و عثمان او در هیچ یک از جنگهای این دو خلیفه حضور نداشتهاست.
ویلفرد مادلونگ مینویسد، علی نمیتوانسته که بر مبنای قرابت خویشاوندی با محمد، امیدوار به خلیفه شدن بعد از عمر بودهباشد. زیرا قریش از جمع شدن پیامبری و خلافت در یک قبیله حمایت نمیکردند. وی معتقد است که این مهم از سنخ «کودتای صورت گرفته توسط ابوبکر و عمر» در سقیفه بنیساعده نیست، بلکه از حسادت عمیق قریش نسبت به علی نشات میگیرد. بنابراین تنها شانس علی برای شرکت در امور مسلمین، مشارکت کامل وی در اهل شورا که توسط عمر پایه ریزی شد، میتوانست باشد. ابنعباس روایت میکند که در جایی عمر به وی گفته که علی در واقع شایسته ترین شخص برای جانشینی محمد بوده، اما ما از وی به دو دلیل ترسیدیم. وقتی ابنعباس مشتاقانه از عمر در مورد این دو دلیل سوال میکند، عمر در پاسخ به وی میگوید، اولی جوان بودن و دومی علاقه زیاد علی به خاندان بنیهاشم. بر اساس این روایت، تمامی آرزوهای علی و هوادارانش برای احراز خلافت مبدل به ناامیدی گردید. عمر در خلال این پاسخ، به سقیفه بنیساعده اشاره میکند. در این اشاره، عمر به عقیدهاش درباره تشکیل شورا به عنوان مبنایی برای تعیین خلیفه اشاره کرده و عملاً، از این به بعد، هر گونه تعیین خلیفه بدون مشورت را تقبیح مینماید. بنابراین با این کار، خلافت نمیتوانست در انحصار قبیلهای خاص باشد و به تمامی قریش تعلق داشت.
کائتانی در این زمینه علت قتل عمر بر این باور است که ابولؤلؤ (قاتل عمر) وسیله ای برای توطئه قتلی از سوی صحابیانی چون علی، طلحه و زبیر بوده است و عبید الله بن عمر (که در جنگ صفین در سال ۳۷ هجری کشته شد) به این توطئه معتقد بوده اما دست به عملی دیوانه وار (کشتن هرمزان و دخترش) زده است. دانشنامه اسلام معتقد است محققانی چون لاوی دلا ویدا و مادلونگ نشان داده اند که این دیدگاه کائتانی را بی پایه و اساس است.
در هنگام مرگ عمر، شورایی برای انتخاب خلیفهٔ بعدی تشکیل شد. اعضای این شورا شامل علی، عثمان، طلحه، زبیر، عبدالرحمن بن عوف و سعد بن ابی وقاص بودند. از آنجایی که طلحه دقیقاً بعد از انتخابعثمان به مدینه بازگشت، سعد بن ابی وقاص به عنوان نمایندهٔ رسمی وی در شورای انتخاب خلیفه حضور داشت. علی و عثمان دو کاندیدای نهایی بودند، ولی در نهایت، رأی به نفع عثمان اعلام گردید. عثمان،برادر زن عبدالرحمن بن عوف بود. علاوه بر این، عمر به عبدالرحمن بن عوف در انتخاب خلیفهٔ بعدی، اختیارات بیشتری داده بود و در هنگام خلافتش نیز به رای او تکیه داشت. علی به اتکای نزدیکترین قرابت خویشاوندیاش با محمد، ادعای خود برای خلافت را قاطعانه مطرح کرد. در حالی که عثمان، کاندیداتوری خود را منفعلانه پیش میبرد. عبدالرحمن بن عوف، علاوه بر صحبت جداگانه با دو کاندیدا، شبانه با سران قریش مشورت کرد و از حمایت قاطع آنان از عثمان مطلع شد. قبیله بنیامیه که با وجود عثمان به عنوان کاندیدای خویشاوند، دیگر الزامی به حمایت از علی که نسبت خویشاوندی دورتری به آنها داشت، نداشتند. قبیله بنیمخزوم نیز علیه علی، از عثمان حمایت کردند. عبدالله بن ابی ربیعه، رهبر بنیمخزوم و فرمانروای الجند، به عبدالرحمن بن عوف هشدار داد که اگر با علی بیعت کند با نافرمانی قبیلهاش و اگر با عثمان بیعت کند با اطاعت قبیلهاش مواجه خواهد شد. در واقع علی در شورای انتخاب خلیفه، حامی نداشت. علی و عثمان هر دو در صورت عدم موفقیت در انتخاب، به انتخاب دیگری راضی بودند. بر حسب بعضی روایات، علی موفق شد که عبدالرحمن بن عوف را متقاعد کند که به جای حمایت از عثمان، از وی حمایت کند. گرچه این مهم را میتوان در خوشبینانه ترین حالت، حمایتی ضعیف به حساب آورد. علاوه بر این، زبیر که بعد از مرگ محمد از حامیان علی بود، در اینجا از عثمان حمایت میکرد. بنابراین عبدالرحمن بن عوف، دلیلی قاطع برای صدور رای به نفع عثمان داشت. او رای خود در مسجد و در ملا عام و با حضور دو کاندیدا اعلام کرد. بنابراین فشار زیادی بر روی علی وجود داشت که همان جا با عثمان بیعت خود را اعلام کند و او با اکراه موافقت کرد.
ویلفرد مادلونگ مینویسد عمر گرچه ممکن بود نگران احتمال انتخاب علی به عنوان خلیفه باشد، اما مدرکی وجود ندارد که وی مستقیماً خواسته باشد تا بر شورا علیه علی تاثیر بگذارد. او چند وقت قبل در حضور عبدالرحمن بن عوف به او در مورد آرزوی قبیله بنی هاشم در مورد «حق خلافت انحصاری» این قبیله و «حق پایمال شده» علی، هشدار داده بود. چنین فکری بدون شک در اذهان عمومی نیز وجود داشتهاست. علاوه بر این، قتل عمر در مدتی اندک پس از آن، هرگونه مصالحه بین حامیان خلافت قریش و علی را منتفی مینماید. عبدالرحمن بن عوف به طور کامل بر احساسات عمر آگاه بود. او ممکن است نام خود را از میان کاندیداهای خلافت بیرون کشیده باشد تا بتواند رای قاطع جمع آوری کرده و از آن علیه علی استفاده کند. اما به نظر میرسد که این عمل ابتکار خودش باشد، نه یک عمل تمرین شده پیشنهادی از سوی عمر.
عبدالرحمن بن عوف به علی، سه شرط عمل به قرآن، سنت محمد و روش خلفای پیشین را عرضه کرد که علی تنها دو شرط اول را پذیرفت؛ در حالی که عثمان هر سه شرط را پذیرفت. بنابر روایت شرح نهج البلاغه ابن ابی الحدید، علی در این هنگام به برتری خود در امر خلافت تاکید کرد؛اما چون اقبال عمومی به عثمان بود، ناچار شد که با وی بیعت کند.
دوران خلافت عثمان
عثمان به بنی امیه که قوم و خویشش بودند بیش از حد امتیاز میداد، به طوری که نفوذ آنان روی وی سبب شد که با صحابه محمد مانند ابوذر غفاری، عبدالله بن مسعود و عمار بن یاسر بد رفتاری کند. این موضوع و مسائل دیگر خشم مردم در مناطق مختلف حکومت اسلامی را در سالهای ۶۵۰ و ۶۵۱ میلادی برانگیخت. بعد از اینکه مروان بن حکم عمو زادهٔ عثمان به عنوان مشاور وی انتخاب گردید، تسلط مروان بر وی باعث اعتراض بسیاری از صحابه محمد به خصوص اعضای شورای انتخاب عثمان گردید. بسیاری از آنان به عثمان اعتراض نموده و حمایت خود را از وی قطع کردند.
بنا بر نظر سید حسین نصر در دانشنامه بریتانیکا، بر طبق منابع شیعی، علی عثمان را به عنوان خلیفه به رسمیت میشناخت. اما موضع بی طرفی را بین هواداران و مخالفان وی اتخاذ کرده بود. بنا بر نظر رابرت گلیو در دانشنامه اسلام، علی حداقل به لحاظ معنوی سردسته مخالفان عثمان بود. در دوران خلافت عثمان، علی به همراه صحابه دیگری از محمد از جمله طلحه و زبیر از منتقدان عثمان بودند. او عنوان میداشت که عثمان از سنت پیامبر دچار انحراف شدهاست. مهمترین موارد اختلاف با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی بود. علی اصرار داشت که "حدود الهی" باید اجرا شود. از جمله در قضیه شرب نوشیولید، حاکم کوفه، گفته میشود حد به دست خود علی اجرا شد. او در امور سیاسی حداقل به لحاظ معنوی نیز از سرکردگان مخالف عثمان شناخته میشد. در قضیه تبعید ابوذر با وجود ممنوعیت تعیین شده توسط عثمان او با فرزندانش ابوذر را بدرقه کرد.[۸۹] همچنین به نوشته پوناوالا در دانشنامه ایرانیکا، به روایت ابن اعثم علی میدانست که عثمان جرات نداشت که بر ضد وی عمل کند. در موقعیتهای بسیاری، علی با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی اختلاف نظر داشت. علی علناً اظهار همدردی خود با ابوذر غفاری نشان داده و قاطعانه در دفاع از عمار بن یاسر سخن رانده بود.
پس آن مردم در برخی از شهرها و مناطق علیه عثمان شورش کردند و رو به سوی مدینه آوردند. وی که در ابتدا حکم مجازات شورشیان را صادر کرده بود، وقتی که توسط پیک سریعی که توسط عبدالله بن سعد فرستاده شد، از قصد شورشیان آگاه شد، از آنجایی که به دلیل احتمال بازشدن راه برای خشونت دیگر قشرها، تمایلی به پذیرش شورشیان نداشت، به دیدار علی رفته و از او خواست که با شورشیان دیدار کرده و آنها را وادار کند که به شهر و دیارشان بازگردند. عثمان ضمن اینکه خود را از این به بعد ملزم به پیروی از توصیههای علی میکرد، به وی اختیار تام داد تا هرگونه که میخواهد با شورشیان مذاکره کند. علی به وی یادآوری کرد که قبلاً هم با وی در این مورد صحبت کردهبود، ولی عثمان ترجیح دادهبود که از مروان بن حکم و بنیامیه حرفشنوی کند. عثمان قول داد که از این پس، از آنان روی گردانده و از علی حرفشنوی کرده و دستور داد که دیگر انصار و مهاجران به علی بپیوندند. او همچنین از عمار خواست که به این گروه بپیوندد ولی وی این پیشنهاد را ردکرد.
علی در این زمان بدون آنکه مستقیماً با عثمان مخالفت کند، تاثیر بازدارنده بر وی داشت. او انتقادات دیگر صحابه را به گوش عثمان میرساند و به نظر میرسد که به علت سوءظنهای به وجود آمده بین علی و اقوام عثمان، از طرف عثمان با مخالفانی که از دیگر استانها به مدینه آمده بودند، مذاکره نمود. وقتی بعداً شورشیان منزل عثمان را محاصره کردند، علی با اصرار بر اینکه عثمان نباید از آب منع شود، تلاش نمود شدت محاصره را کم کند. وقتی که عثمان در معرض خطر حمله قرار داشت، علی پسرانش را به منظور محافظت از خانه وی روانه کرد. وقتی عثمان توسط گروهی که وی را در خلافت ضعیف و متهم به قوم و خویش سالاری میکردند، کشته شد، علی پسرانش را به دلیل محافظت نامناسب از خانه عثمان، مورد مواخذه قرار داد.