درباره تعداد فرزندانش چند قول وجود دارد. بنا بر یکی از آنها، وی ۳۷ فرزند داشت که شامل ۱۸ پسر و ۱۹ دختر بودند. علی بن موسی، هشتمین امام شیعیان، فرزند اوست. همچنین یکی از دخترانش به نام فاطمه معصومه که برای دیدار برادرش، رضا، عازم ایران شده بود، در شهر قم بیمار شد و پس از چند روز بیماری، درگذشت و در این شهر مدفون است.
پسران
- علیبن موسیالرضا
- ابراهیم
- احمد
- محمد
- حسین
- حمزه
- عباس
- قاسم
- اسماعیل
- جعفر
- هارون
- حسن
- عبد اللّه
- اسحاق
- عبیداللّه
- زید
- فضل
- سلیمان
دختران
- فاطمه کبری
- فاطمه صغری (فاطمه معصومه)
- رقیّه
- حکیمه
- ام ابیها
- رقیّه صغری
- کلثوم
- ام جعفر
- لبابه
- زینب
- خدیجه
- علیّه
- آمنه
- حسنه
- بریهه
- ام سلمه
- میمونه
- ام کلثوم.