به دلیلی سستی حکومت امویان باقر و فرزندش صادق توانستند حوزههای بزرگ درسی ایجاد کنند. بخش بزرگی از احادیث شیعیان از این دو شخص است و مثل قال باقر و قال صادق که میان شیعیان رواج دارد نیز به این نکته اشاره دارد. بعضی از بزرگان اهل سنت و بعضی از مردم ایران نیز جزء شاگردان محمد باقر بودهاند که نام برخی به شرح زیر است:
- ابوعبداللّه جابربن یزید بن حارث جعفی
- محمد ابن مسلم ثقفی کوفی
- عبدالملک بن اَعیَن
- سلیمان بن خالد
- برید بن معاویه عجلی
- ابوخالد کابلی
- فُضَیل بن یَسار
- ابوالصّبّاح کِنانی
- حمّاد بن ابی سلیمان (ایرانی)
- داوود بن ابی هند سرخسی(ایرانی)
- محمّد بن اسحاق (ایرانی)
- میمون قدّاح مکّی
- معروف بن خرّبُوذ
- عبدالله بن عطاء مکّی