برای محمد باقر هفت فرزند یاد کردهاند، پنج پسر و دو دختر:
- جعفر صادق. (امام ششم شیعیان)
- عبد الله بن محمد. او هم از ناحیه پدر و هم از ناحیه مادر با جعفر صادق متحد است. وی صاحب فضل و صلاح بوده که فردی از بنی امیه به او سم خورانید و او را کشت.
- ابراهیم بن محمد، از ام حکیم.
- عبید الله بن محمد، از ام حکیم.
- علی بن محمد، ام ولد.
- زینب بنت محمد، از ام ولد.
- ام سلمه، از ام ولد.
برخی، تنها شش فرزند برای محمد باقر نام بردهاند و بر این باورند که وی فرزندی به نام عبید الله نداشتهاست.
گروهی دیگر گفتهاند که دو دختر نداشتهاست، بلکه زینب و ام سلمه در حقیقت دو نام برای یک دختر است.