تفسیر باقر
رسالهای در تفسیر قرآن منسوب به محمد باقر به جای ماندهاست. به گفته برخی منابع این رساله حاصل استنساخ یکی از شاگردان وی میباشد.
المناسک
در حدیثی از جعفر صادق چنین آمده که آداب حج در فقه شیعه برای اولین بار توسط محمد باقر تدوین شدهاست.