شورشها در ایران
در دوران خلافت علی جنگهای داخلی بین مسلمانان و شورش ایرانیان به راه افتاد. شورش ایرانیان در آخرین سال خلافت علی اتفاق افتاد که توسط سپاهیان ارسالی خلیفه سرکوب شد. مثلاً شورشیان در شرق ایران، مالیات خود را به قبایل کوفی و بصری پرداخت نکردند.
در حالی که در سالهای ۴۱-۳۵ هجری/۶۱-۶۵۶ میلادی، مسلمانان مشغول جنگهای داخلی بودند، اکثر مناطق ایران از کنترل امپراطوری عرب خارج شد. حتی بازماندگان سلسله ساسانی تلاشهایی برای بازیابی حکومتشان در شهرهای طخارستان و نیشابور انجام دادند. مسلمانان با تکیه بر خراج و مالیات موفق شدند دوباره کنترل مناطق آشوب زده را در دست گرفته و شورشها علیه والیان و افراد تحت حمایت آنان را بخوابانند. هپتالیان شهرهای بادغیس، هرات و فسانج همانند اهالی نیشابور از دادن مالیات به حاکمان عرب سر باز زدند. مردم شهر زرنگ هم مقر حکومتی حاکم خود را سرنگون کردند. از طرفی دیگر بدویان عرب نیز به شهرهای سیستان حمله برده و آنجا را تصرف کردند. در سال ۳۶ هجری/۷-۶۵۶ میلادی، فرمانهای علی به اشخاص برجسته محلی مبنی بردادن خراج به ماهویه مرزبان مرو باعث بروز شورشهایی در شرق خراسان علیه حکومت علی گردید و تا مرگ علی ادامه داشت.
بعد از جنگ صفین، هنگامی که علی مشغول شورشهای خوارج در عراق و فارس بود، مردمان مناطق جبال، فارس و کرمان در سال ۳۹ هجری/۶۵۹ میلادی از دادن مالیات سرباز زده و شروع به شورش کردند که روز به روز شدت می یافت و مردم این مناطق مامورین جمع آوری مالیات را از شهرهای خود بیرون راندند.
شورش خریت بن راشد
پس از جنگ صفین خریت به همراه ۳۰ یا ۳۰۰ تن (عدد مورد اختلاف است) به نزد علی رفته و اعلام کرد که قصد جدا شدن از وی را دارد. علی به خریت بیعتش را متذکر شد و او را از این کار بازداشت. اما خریت به همراه ۳۰۰ نفر به دین مسیحیت گروید و همان شب از علی جدا گردید و علیه علی شورش نمود. علی در پاسخ، زیاد بن خَصَفه را برای تعقیب و سرکوبش فرستاد. خریت و یارانش در ادامه مسیرشان به روستای نِفَّر در اطراف کوفه رفته و والی آنجا به نام زادان بن فرح را کشند.