با کشته شدن حسین بن علی و با قیام مختار اکثریت شیعیان روی به مختار گردانیدند و مختار نیز قیام خود را به نیابت محمد حنفیه فرزند دیگر علی عنوان میکرد. به گفته مادلانگ در دانشنامه اسلامی در این زمان به مدت یک نسل رهبری شیعیان در خارج از دایره فرزندان فاطمه بود. علی بن حسین نیز از فعالیتهای شیعه دوری گزیده بود و پیروان چشمگیری بسوی خود جذب نکرده بود. از ۵۷ سال زندگی خویش، به مدت ۳۴ سال امام شیعیان بود..
به گفته منابع شیعی مهمترین برنامههای علی بن حسین در این دوره بر محورهای زیر استوار بود:
-
- نشر مبانی اعتقادی و فرهنگی شیعه
- تربیت نیروهای صالح و کارآمد برای تشیع
- افشای چهره امویان
- مبارزه با افکار و اندیشههای منحرف
- زنده نگه داشتن یاد و خاطره عاشورا و رساندن پیام آن به مسلمانان
- اگر چه در زمان امامت علی بن حسین مردم بیشتر پیرو ارزشهای خلافت بودند و شرایط مناسبی برای ایشان فراهم نبود؛ با این حال علی بن حسین با تکیه بر احادیث نبوی سیره فقه شیعه را پی ریزی کرد و شرایط را برای بیان جزئیات برای محمد باقر و جعفر صادق فراهم آورد.
او آموزهها و رهنمودهای خویش را در غالب دعا بیان میکرد که به «صحیفه سجادیه» معروف است. نویسندگان شیعه «صحیفه سجادیه» را بعد از قرآن و نهج البلاغه غنیترین گنجینه معارف به شمار میآورند؛ به طوری که آن را «همتای قرآن»، «انجیل اهل بیت» و «زبور آل محمد» نامیدهاند. نمونه دیگر دعایی است که به یکی از نزدیکترین یاران خود «ابوحمزه ثمالی» آموخت و در سحرهای ماه رمضان خوانده میشود.