محمد قبایل مختلف عرب را با ایجاد امت اسلامی در سال‌های آخر عمرش متحد ساخت. با درگذشت او، اختلافات راجع به جانشینی او در گرفت. عمر بن خطاب، یکی از صحابه مهم محمد، ابوبکر را به عنوان جانشین در سقیفه نامزد کرد و بقیه حمایت خود را افزودند و ابوبکر به عنوان اولین خلیفه مسلمین انتخاب شد.برخی از صحابه همچون علی و سلمان و ابوذر برای مدتی از بیعت با ابوبکر امتناع کردند.

فوری‌ترین کار ابوبکر رسیدگی به شورش‌های قبایل عرب در جنگ‌هایی که مورخین مسلمان بعدی نام «جنگ‌های ارتداد»بر آن نهادند، بود. کار فوری دیگر لشکرکشی به سمت امپراتوری روم شرقی(بیزانس) به دلیل شکست پیشین مسلمانان بود.پس از ابوبکر، به ترتیب عمر بن خطاب، عثمان بن عفانو علی بن ابیطالب به خلافت رسیدند که به خلفای راشدین مشهورند. پس از آنان حکومت به بنی امیه و سپس به بنی عباس رسید. عبدالرحمان سوم و جانشینانش در آندلس، فاطمیان، حفصیان و مرینیان نیز خود را جانشین محمد می‌دانستند. سلاطین عثمانی هیچ‌گاه رسماً خلیفه نبودند. تنها عبدالمجید دوم از ۱۹۲۲ تا ۱۹۲۴ خود را خلیفه تمامی مسلمانان خواند.

محمد چند ماه پس از حجةالوداع مریض شد و چند روزی از سردرد و ضعف رنج برد. در روز دوشنبه‌ای که محمد سخت بیمار بود (که در همان روز هم درگذشت) و نمی‌توانست از خانه بیرون رود، ابوبکر با مسلمانان نماز خواند.محمد سرانجام در روز دوشنبه ۲۸ صفربرابر با ۸ ژوئن ۶۳۲، در ۶۳ سالگی درگذشت. پس از درگذشت محمد ابوبکر وارد مسجد شد و ابتدا آیه‌ای از قرآن را با این مضمون خواند:«محمد نیست مگر فرستاده‌ای که پیش از او فرستادگان آمده و رفتند؛ پس آیا اگر او بمیرد و یا کشته شود به سوی گذشتگانتان بازخواهید گشت؟ و هر کس بازگردد به خدا آسیبی نمی‌زند و خدا سپاس‌گزاران را پاداش می‌دهد.»سپس گفت: «ای مردم، هر کس محمد را می‌پرستید، پس همانا محمد مرده‌است و هر کس خدای محمّد را می‌پرستید، بداند که او زنده‌ای است که هرگز نمی‌میرد.»او را در منزل عایشه دفن کردند. مسجدی که بعدها به محل دفنش افزوده شد، به زیارتگاه مسلمانان تبدیل شد.نقل است که چون محمد درگذشت، اهل بیت شروع به گریه و زاری کردند. میان مردم اضطراب و تشویش به راه افتاد. برخی مانند عثمان پسر عفان از سخن گفتن باز ماندند و عده‌ای مانند عمر بن خطاب نیز مردن او را باور نداشتند.

در پایان سال دهم پس از هجرت، محمّد آخرین حج و اولین حج کامل را انجام دادو از این طریق تمام جزئیات مراسم حج را به پیروانش توضیح داد. طی این واقعه (حجةالوداع و تعلیم اعمال حج) رخ داد، 

در بازگشت به مدینه و در بین راه، محمد به صورت ناگهانی به مدت سه روز در محلی به نام غدیر خم توقف کرد و با جمع‌کردن حجاج خطبه‌ای خواند و در آن جمله «هر که من مولای اویم پس علی مولای اوست» را با بلندکردن دست علی در برابر جمعیت گفت. واژهٔ «مولا» در عربی به دو معنای «دوست» و «رهبر» است.

تفاسیر شیعه قرآنرا به انتصاب علی (به عنوان جانشین محمّد) در این قضیه نسبت می‌دهند. در صورتی که اهل سنت معتقدند که عده‌ای از تقسیم غنایم در اردوکشی به یمن که توسط علی انجام شده ناراضی بودند و محمد در پاسخ به آنها علی را دوست خویش معرفی کرد تا ناخشنودی آنان را فرونشاند.

چندی پس از فتح مکه، محمد متوجهٔ تهدید نظامی از سوی قبایل هوازن که در حال جمع‌آوری لشکری بزرگ بودند شد. هوازن دشمنان قدیمی قریش بودند. قبیله ثقیف که در شهر طائف زندگی می‌کردند نیز به دلیل نزول وجه قریش، سیاستی ضد مکه‌ای اتخاذ کرده بودند. محمد هر دو این قبایل را در غزوہ حنین شکست داد.

در همان سال، محمد به سمت تبوک، در شمال عربستان، لشکرکشی کرد. دلیل این امر شکست قبلی او در جنگ موته و همچنین گزارش‌هایی مبنی بر برخورد دشمنانه با مسلمین بود. اگرچه درگیری‌ای در تبوک رخ نداد، ولی برخی از شیخ‌های قبایل آن ناحیه خود را تابع او کردند. یک سال پس از جنگ تبوک، قبیلهٔ ثقیف نمایندگانی به مدینه فرستادند تا خود را تسلیم محمد کرده و اسلام را بپذیرند. خیلی از بادیه‌نشینان نیز جهت امن بودن از حملات محمد و همچنین بهره‌بردن از غنایم جنگی به اسلام گرویدند. البته بادیه‌نشینان آدابی مغایر با آداب اسلام داشتند و می‌خواستند که استقلال، کد اخلاقی و سنن اجدادی خود را حفظ کنند. بنابراین محمّد فقط از آن‌ها طلب پیمان نظامی و سیاسی کرد که بر اساس آن بادیه‌نشینان حاکمیت مدینه را پذیرفته، به مسلمانان یا متحدان آن‌ها حمله نمی‌کنند، و زکات، مالیات اسلامی، را پرداخت می‌کنند.

^{صلح حدیبیه تا ۲ سال پایدار بود. فسخ شدن صلح حدیبیه از آنجا شروع می‌شود که محمد پیمان صلحی با یکی از زیرشاخه‌های قبیله بنی‌خزاعه بسته بود. قبیله بنی‌خزاعه روابط دوستانه‌ای با محمد داشت در حالی که دشمنش قبیله بنی‌بکر با مکیان اتحاد داشت. خاندانی از بنی‌بکر شبانه به بنی‌خزاعه یورش می‌برند و تعدادی از آن‌ها را می‌کشند.اهل مکه متحدانشان (بنی‌بکر) را با فراهم کردن اسلحه کمک کرده بودند، و طبق برخی از منابع تعداد کمی از اهل مکه هم در جنگ شرکت کرده بودند. پس از این واقعه، محمد پیغامی به مکه فرستاد و در آن سه شرط را مشخص کرده بود و از اهل مکه می‌خواست یکی را بپذیرند. شروط این بود که اهالی مکه خون‌بهای کسانی که از قبیله بنی‌خزاعه کشته شده‌اند را بدهد، یا اتحادشان با بنی‌بکر را برهم بزنند، یا پیمان حدیبیه را منسوخ اعلام کنند.}

^{پاسخ مکه این بود که آن‌ها فقط شرط آخر را می‌پذیرند. اما کمی بعد به اشتباه خود پی بردند و ابوسفیان را فرستادند که پیمان حدیبیه را احیا کند؛ ولی محمد درخواستشان را نپذیرفت و نیروهای خود را برای جنگ با مکه آماده کرد. در سال ۶۳۰ میلادی با نیروی بسیار زیادی که گفته می‌شود ۱۰٬۰۰۰ نفر بودند به سمت مکه حرکت کرد و با حداقل کشته کنترل مکه را به دست گرفت. محمّد بخشش عمومی برای تمامی رفتارهای گذشته و توهین‌ها به اهل مکه داد، به جز ده زن و مرد که او را مورد تمسخر قرار داده بودند و در شعرها و آوازهایشان به او ناسزا گفته بودند. او برخی از این افراد را نیز بعداً بخشید. اکثر اهل مکه مسلمان شدند و محمد متعاقباً نسبت به شکستن تمامی بت‌های درون کعبه و جز آن، اقدام کرد.}

^{اگرچه محمد قبلاً آیاتی که دستور انجام حج را می‌دادند را تحویل داده بود (سوره بقره آیات ۱۹۶–۲۱۰)، مسلمانان آن را به خاطر دشمنی قریش انجام نداده بودند. در ماه شوال ۶۲۸ میلادی، محمد با ۱۴۰۰ تن از پیروانش جهت انجام عمره به سمت مکه رفتند قریش با شنیدن نزدیک‌شدن مسلمان به مکه، ۲۰۰ سوار را فرستاد که آن‌ها را متوقف کنند. محمد با طی مسیر صعب‌العبورتری آن‌ها را دور زد و به حدیبیه، در حومه شهر مکه رسیدمذاکرات با مکه شروع شد و فرستادگانی بین دو طرف ردوبدل شد. درنهایت پیمان صلحی به مدت ۱۰ سال بین دو طرف منعقد شد. نتیجه قرارداد این بود که مکه، جامعه مسلمانان مدینه را از نظر سیاسی و مذهبی به رسمیت می‌شناخت. مفاد اصلی قرارداد این بود که طرفین دشمنی‌ها را کنار بگذارند، محمد سال بعد برای حج به مکه بیاید، اگر کسی از اهل مکه به مدینه رفت به مکه بازگردانده شود ولی نه بالعکس، و قبایل آزاد خواهند بود که با محمد یا با قریش در پیمان باشند.}

^{متعاقب مهاجرت مسلمانان به مدینه، اهالی مکه اموال آن‌ها را مصادره کردند. به دلیل اینکه مهاجرین در مدینه از نظر اقتصادی تحت فشار بودند و هیچ شغل خالی برای آن‌ها نبود که مشغول به کار شوند، آن‌ها جهت ارتزاق، شروع به یورش به کاروان‌های اهل مکه کردند. این حرکت باعث شروع جنگ مسلح بین اهل مکه و مدینه شد. محمد آیات ۳۹–۴۰ سوره حج را ایراد کرد که در آن‌ها اجازه استفاده از نیروی نظامی صادر می‌شود.}

^{بعدها محمد تصمیم به حمله به یکی از کاروان‌های مکه گرفت، سپس اهل مکه سپاهی فراهم آوردند ولی شکست خوردند. (غزوه بدر) یک سال بعد قریش در جنگی مسلمانان را شکست داد و محمد زخمی شد ولی چون قریش خود را به اندازه کافی قوی نمی‌دید، تا مدینه پیشروی نکردند و عقب‌نشینی کردند. (غزوه احد) در آوریل ۶۲۷ م. قریش با ۱۰٬۰۰۰ تن به مدینه حمله کرد؛ اما به سبب وجود خندق گرد مدینه، سپاه قریش پس از ۴۰ روز (به روایت دیگر دو هفته) ناامید شد و عقب‌نشینی کرد. (غزوه احزاب)در خلال این جنگ‌ها، بعلت همدستی سه قبیله از یهودیان با مشرکان با وجود تعهد قبلی مبنی بر عدم خیانت، بین مسلمانان و این سه قبیله اختلاف و درگیری پیش آمد. دو قبیله بنی‌قینقاع و بنی نضیر‎ تبعید و قبیله بنی قریظه حذف ش}د.

^{برای حل شکایت‌های دراز مدت قبیله‌های گوناگون ِ از هم، یکی از نخستین کارهای محمد در مدینه مکتوب‌کردن سندی بود که به «میثاق مدینه» شهرت یافت. این موافقت‌نامه، «فرمی از اتحاد یا فدراسیون» را میان ۸ قبیله مدینه و مهاجران مسلمان از مکه برقرار می‌کند که در آن حقوق و وظیفه‌های هر شهروند و چگونگی رابطه‌های میان گروه‌های گوناگون (دربردارندهٔ گروه مسلمانان و دیگر گروه‌ها به ویژه یهودیان و دیگر اهل کتاب) مشخص شده بود.[این پیمان مفهوم ساختار اجتماعی امت را به عنوان اجتماعی یکسان از مومنان تعریف می‌کند که دربردارندهٔ یهودیان نیز می‌شد؛ اما غیریکتاپرستان مدینه را دربرنمی گرفت پیمان مدینه به یهودیان مدینه در ازای وفاداری سیاسی به مسلمانان، حق استقلال فرهنگی و مذهبی می‌داد. ساختار اجتماعی که در قانون اساسی مدینه تعریف شده بود، امت، ظاهری مذهبی داشت اما ملاحظه‌های عملی نیز در آن انجام شده بود و به شکل گسترده‌ای قانون‌های قدیمی قبیله‌ای عرب‌ها را نگه می‌داشت پیمان مدینه قبیله‌ها را مسئول رفتار اعضایشان می‌دانست.}

هیاتی دربردارندهٔ دوازده تن از بزرگان خاندان‌های مهم مدینه، از محمد دعوت کردند تا به عنوان یک ناشناس برای عرب‌ها و یهودیان که تا پیش از سال ۶۲۰ میلادی نزدیک به صد سال درگیر ِ جنگ‌های داخلی بودند و کشت و کشتارهای پی در پی و عدم توافق در پرداخت خون‌بهای کشته‌شدگان داشتند، داوری کند؛ به ویژه پس از جنگ بُعاث که همگی قبیله‌های یثرب (مدینه) در آن شرکت داشتند، این امر را برای ایشان آشکار ساخته بود که مفهوم‌های قبیله‌ای مانند «قصاص» دیگر قابل انجام نیست مگر این که کسی صلاحیت‌دار در بخش‌های دارای اختلاف داوری کند.نمایندگان فرستاده شده از مدینه، از سوی خود و مردم شهر یثرب متعهد شدند تا محمد را در جامعه خویش بپذیرند و از او در برابر خطرهای جانی، مانند خود، نگهبانی کنند.

بر پایهٔ روایت‌های اسلامی، قریش از بیرون رفتن مسلمانان از مکه آگاه شد و برای کشتن محمد نقشه‌ای را به اجرا گذاشت. محمد به کمک علی، کسانی که نگهبانش بودند را گمراه کرد و پنهانی به همراه ابوبکراز شهر بیرون رفت. به این سان در سال ۶۲۲ میلادی (برابر با سال سیزدهم پس از آغاز دعوت خود) محمد به مدینه، که یک واحه (آبادی) کشاورزی ِ بزرگ بود، هجرت کرد و همراهان وی که با او از مکه به مدینه مهاجرت کردند به مهاجران شهرت یافتند و مردم یثرب که پیامبر و مهاجران را یاری رسانده بودند، انصار نامیده شدند. بعدها (در زمان خلیفه دوم) این هجرت، مبدای تاریخ مسلمانان شد. مدینه تا پیش از هجرت محمد «یثرب» نامیده می‌شد و پس از این هجرت «مدینةالنبی» یا به‌اختصار «مدینه» (برگرفته از مدینةالنبی یا المدینةالمنورة) خوانده شد.

محمد (ص) در ۲ یا ۳ سال پیش از هجرت به مدینه، بر پایهٔ منابع اسلامی و به باور بیش‌تر مسلمانان، در یک شب به سفری به نام معراج، از مسجدالاقصی به آسمان رفت. مسلمانان در ۲۷ رجب «لیلةالاسراء و المعراج» را جشن می‏‎‎‎گیرند. بنا به نظر بیش‌تر مفسران قرآن، آیه‌های آغازین سوره اسراء به معراج اشاره دارند. روایت‌ها و حدیث‌ها نیز اطلاعات و داده‌هایی از معراج دراختیار می‎‎‎‎‎‎‏گذارند. معراج به طور گسترده‌ای در ادبیات عربی، ادبیات اندونزیایی، کشورهای غرب و شرق آفریقا و مینیاتورهای ایرانی (که به «معراج‌نامه» معروفند) به‏‎‎کار رفته‌است.