پس از قضیه حکمیت، هر چند علی حکم برکناری را نپذیرفت و خود را کماکان خلیفه مسلمانان مینامید اما هر روز از وفاداران به او کاسته میشد. در زمانی که علی مشغول رفع شورش خوارج بود معاویه کنترل مصر را در دست گرفت. دانشنامه ایرانیکا مینویسد وی در اواخر سال ۳۹ هجری مصادف با ۶۶۰ میلادی، سپاهیان علی را در مصر شکست داد و عمروعاص را حاکم آنجا نمود. در همین زمان، علی کنترل حجاز را نیز از دست داد. در سال ۴۰ هجری علی حتی کنترلی بر شهرهای مکه و مدینه نداشت. علی عملاً به شهر کوفه محدود شده بود و در موضعی تدافعی بود تا آنجایی اقدامی در برابر لشکرکشیهای معاویه به قلب عراق، یمن و عربستان نکرد. افکار عمومی عرب به سمت جانشینی معاویه تمایل داشت. چرا که وی توسط نیروهای منظمی پشتیبانی میشد و میتوانست قدرت را در میان نخبگان عرب حفظ و امپراطوری عرب را کنترل کند.